Linux Debian OS，優れたLinux OSの道具

優れた Linux Debian OS を使う
How to use Debian OS

Read in English

1. Debian v.s. AlmaLinux OS's
2. Simulations of Molecular Dynamics in AlmaLinux and Debian
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日本語で解説

　宇宙科学や地球物理，物理・化学，工学において物質の時間発展や
定量変動を予測する道具として，計算機シミュレーションは大きな力を
もつ。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータが用いられる。
計算機を実際に動かすためには Unix OSが使われるが，普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSが使用される。ここでは Debian OSを標準として
用い，新しい AlmaLinux OSのテストを行いたい。

　CentOS 7は2024年5月に期限が終了した。このLinux OSを使うために
細心の注意を持っていれば使い続けることが可能である（注意：
"Windows OSは攻撃に対して無力である"，とプロフェッショナルの
注意書きがあった）。攻撃を避けるため Debian や Ubuntu OSに乗り
換えた人は多いと思われる。

　AlmaLinuxは CentOS 7の後継として登場，その使用法は同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストールに使われる。
まずインターネットでは，FFTW3などほとんどのURL が接続できない。
AlmaLinux-9.6では多くのインターネットサイトにつながるようになった
が，MIT生成のFFTW3はクローズされたままである。
（Windowsで一度ダウンロードして，次にLinux側にアップロードする2度
の手間になる。また画面内のマウスが，Ctrlを押して境界を越えて外に
出す必要がある。これは以前と同じ結果であり改善が望まれる。
Debian OSでは，自由にマウスを動かせる）。

　分子動力学で，AlmaLinux OSでは，Classical MD, および Ab-initio MD
Siesta ではランが動作する。ベクトル・行列計算のScalapack v.2は
Debian OSのインストール法で回避できるが，pip3に関連したpairlist は
コンパイルが不能であった。
　AlmaLinux-9.6 ではpairlistがPython-3.13のもとで修正され，pip3のGenice
は一見成功と見えたが，値を出力する "genice CS1..." はエラーである。

　これらのインストールで，Debian-12 OS では問題が起きていない。現在は
Debian 13が最新版である，https://www.debian.org/。一方，sudo，gfortran,
make, ... のパッケージは初期状態の4 GB容量ではインストールしないので，
必要なものは $ apt install sudo などで入れていく（root権限のパスワードが
必要。"$ " は入力を表すプロンプトであり，実際には書かない）。

　Scalapack-2.2.2（最終版）のコンパイルは，https:/github.com/Mtanaka77/
の " AlmaLinux and Debian OS's " では，Linux OSの比較を書いている。
そのScalapackでは，BLACS, PBLAS, SRCに移り，$ make で実行する。
ただし，最下位のBLACS/SRCなどではMakefileファイルの最後で，
.f.o : 行の $*.f の直前に -fallow-argument-mismatch を書いて実行する。
（以前のCent7 OSでは　BLACS/SRCなどで $ make，SRC/SRCだけで
$ make -B -k -r を行った。AlmaLinux OSでは，すべての最下位にある
SRCのMakefileで -fallow-argument-mismatch を行う。）

　AlmaLinux-9とDebian-12をインストールした上で，3次元水分子動力学
の粒子シミュレーション，そしてAb initio分子動力法 Siesta については，
この記事を参照（英語版）。結論として，定評のある Debian OSの
インストールを勧める。さらに help の内容やユーザーが無償でパッケージ
を作ることなど，Debian OSの良さがあると言える。

References:
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
　M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code, 　
　https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
　TIP5P_code (2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. PDF, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_Debian-12.pdf/.

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