優れた Linux Debian OS を使う

　宇宙科学や地球物理，物理・化学，工学において物質の時間発展や
定量変動を予測する道具として，計算機シミュレーションは大きな力を
もつ。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータが用いられる。
計算機を実際に動かすためには Unix OSが使われるが，普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSが使用される（RedHat OSは有料）。
　CentOS 7は2024年5月に期限が終了した。細心の注意を持っていれば
使い続けることは可能だが，攻撃を心配する人は，Debian や Ubuntu OS
に乗り換えた人が多いと思われる。

　AlmaLinuxは CentOS 7の後継として登場，その使用法は同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストールに使われる。
一般のインターネットでは，FFTW3などほとんどのURL が接続できない。
分子動力学では，Classical MD, および Ab-initio MD Siesta でランが動作
した。ベクトル・行列計算のScalapackは Debian OSでのインストール法で
よいが，下記の pip3に関連したpairlist がコンパイル不能である！

　これらのインストールで，Debian-12 OS には問題が起きなかった。
一方，sudo，gfortran, make, ... のパッケージは初期状態の4 GB容量では
インストールされないので，$ apt install sudo などでひとつずつ入れていく
（root権限のパスワードが必要。"$ " は入力を表すプロンプトであり，
無視する）。
　最終版のscalapack-2.2.0のコンパイルは，https:/github.com/Mtanaka77/
の " AlmaLinux and Debian OS's " でインストール方法の比較をを書いた。
その方法であるが，BLACS, PBLAS, SRCなどのサブディレクトリに移り，
そこで $ make を実行する。ただし，SRCではMakefileファイルの最後で，
.f.o : の $*.f の直前に -fallow-argument-mismatch を書き，$ make -B -k -r
で実行する（無条件に全ターゲットをmakeする意味など。最近のOSでは
$ make では動作しない）。

　AlmaLinux-9とDebian-12をインストールした上で，3次元水分子動力学
の粒子シミュレーション，そしてAb initio分子動力学法 Siesta に，下記の
記事 1. （英語版） に書いた。

　結論として，定評のある Debian OSを使うことを推奨する。
とくにhelpの内容やユーザーが無償でパッケージを作っている気持ちが
感じられ，そこにDebian OSの良さがある。


English
1. AlmaLinux v.s. Debian OS's on Water MD and Siesta-4
2. Simulations of Molecular Dynamics in AlmaLinux and
Debian　by PPoint PDF

References:
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
　M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code, 　
　https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
　TIP5P_code (2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. PDF, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_Debian-12.pdf/.


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