優れた Linux Debian OS を使う
How to use Debian OS


Read in English

1. Debian v.s. AlmaLinux OS's
2. Simulations of Molecular Dynamics in Debian_and_AlmaLinux
　　by PDF

日本語で解説

　宇宙科学や地球物理，物理・化学，工学において物質の時間発展や
定量変動を予測する道具として，計算機シミュレーションは大きな力を
もつ。そこでは超複数個CPUからなるスーパーコンピュータが用いられる。
計算機を実際に動かすためには Unix OSが使われるが，普通のLinuxでは
フリーで使える Linux OSが使用される。ここでは Debian OSを標準として
用い，新しい AlmaLinux OSのテストを行いたい。

　CentOS 7は2024年5月に期限が終了した。このLinux OSを使うために
細心の注意を持っていれば使い続けることが可能である （注意：
"Windows OSは攻撃に対して無力である"，とプロフェッショナルの
注意書きがあった）。攻撃を避けるため Debian や Ubuntu OSに乗り
換えた人は多いと思われる。

　AlmaLinuxは CentOS 7の後継として登場，その使用法は同様である。
コマンドyumや dnfが新規ソフトウェアのインストールに使われる。
まずインターネットでは，FFTW3などほとんどのURL が接続できない。
AlmaLinux-9.6では多くのインターネットサイトにつながるようになった
が，MIT生成のFFTW3はクローズされたままである。
（AlmaLinuxでは手元にダウンロードして，次にLinux側にアップロード
する2度手間になる。また画面内のマウスで，Ctrlを押して境界を越えて
外に出す必要がある。Debian OSでは，自由にマウスを動かせる）。

　分子動力学で，AlmaLinux OSでは，Classical MD, および Ab-initio MD
Siesta ではランが動作する。ベクトル・行列計算のScalapack v.2は使えるが，
pip3に関連したpairlist はAlmaLinux-9.6 ではPython-3.13のもとで修正された。
しかし，pip3のGeniceは一見成功と見えたが，値を出力する"genice CS1..."
はエラーである。

　これらのインストールにおいて，Debian-13 OS では問題が起きていない。
一方，gcc, gfortran, ... のパッケージはDVD-1の4 GB容量ではインストール
しないので，必要なものは $ apt install gcc などで入れていく （root権限の
パスワードが必要。"$ " は入力を表すプロンプトであり，実際には書かない）。

　Scalapack-2.2.2（最終版）のコンパイルは，https:/github.com/Mtanaka77/
の "Debian v.s. AlmaLinux OS's " では，Linux OSの比較を書いている。
そのScalapackでは，2つのキーワード "-fallow-argument-mismatch" (FC)
および "-Wno-implicit-function-declaration" (CC) がSLmake.inc に書く必要
がある *)。そしてトップ領域のMakefileに書かれる TOOLS, SRC, PBLAS,
BLACS, BLACS/INSTALL の順番に $ make により実行される。
*) 最近のOSにより，インストールの指定法が以前とは違う。

　AlmaLinux-9とDebian-13をインストールして，3次元水分子動力学の
粒子シミュレーション，そしてAb initio分子動力法 Siesta について，
この記事を参照してほしい（英語版）。
　結論として，定評のある Debian OSのインストールと研究に使うこと
を強く勧める。


References:
1. AlmaLinux OS, https://almalinux.org/.
2. Debian OS, https://www.debian.org/.
3. M. Tanaka, and M. Sato, J. Chem. Physics, 126, 034509 (2007);
　M. Tanaka, Microwave heating of water and ice by TIP5P code, 　
　https://github.com/Mtanaka77/Water_and_methene_hydrate_by_
　TIP5P_code (2023).
4. J. M. Soler et al., J. Phys. Cond. Matt. 14, 2745 (2002).
5. M. Matsumoto, https://github.com/vitroid/GenIce/.
6. PDF, https://github.com/Mtanaka77/AlmaLinux9_Debian-12.pdf/.

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